Auch in der Instrumentalmusik war Eugen Stoll ausserordentlich aktiv. Davon profitierte eine stattliche Anzahl von Schuelerinnen und Schuelern, denen er im Laufe der Jahre Geigen-Unterricht erteilte. Mit einigen dieser Schueler und anderen Instrumentalisten musizierte Eugen Stoll in Quartetten und pflegte die Kammer- und Hausmusik.
1960 zog Eugen Stoll mit seiner Familie zurueck in die Pfalz nach Ludwigshafen. Er war auch dort kuenstlerisch sehr produktiv und nahm am kulturellen Leben seiner Vaterstadt regen Anteil.